Estas equivocado, ya que en ese caso te imprimiria algo así:

- [I@3e25a5Pedro [I@3e25a5Pedro [I@3e25a5Pedro [I@3e25a5Pedro [I@3e25a5Pedro [I@3e25a5Pedro [I@3e25a5Pedro [I@3e25a5Pedro [I@3e25a5Pedro
 [I@3e25a5Francisco [I@3e25a5Francisco [I@3e25a5Francisco [I@3e25a5Francisco [I@3e25a5Francisco [I@3e25a5Francisco [I@3e25a5Francisco [I@3e25a5Francisco [I@3e25a5Francisco
 [I@3e25a5Roberto [I@3e25a5Roberto [I@3e25a5Roberto [I@3e25a5Roberto [I@3e25a5Roberto [I@3e25a5Roberto [I@3e25a5Roberto [I@3e25a5Roberto [I@3e25a5Roberto
 [I@3e25a5Manuel [I@3e25a5Manuel [I@3e25a5Manuel [I@3e25a5Manuel [I@3e25a5Manuel [I@3e25a5Manuel [I@3e25a5Manuel [I@3e25a5Manuel [I@3e25a5Manuel
 [I@3e25a5Vicente [I@3e25a5Vicente [I@3e25a5Vicente [I@3e25a5Vicente [I@3e25a5Vicente [I@3e25a5Vicente [I@3e25a5Vicente [I@3e25a5Vicente [I@3e25a5Vicente
 [I@3e25a5Luis [I@3e25a5Luis [I@3e25a5Luis [I@3e25a5Luis [I@3e25a5Luis [I@3e25a5Luis [I@3e25a5Luis [I@3e25a5Luis [I@3e25a5Luis
 [I@3e25a5Juli [I@3e25a5Juli [I@3e25a5Juli [I@3e25a5Juli [I@3e25a5Juli [I@3e25a5Juli [I@3e25a5Juli [I@3e25a5Juli [I@3e25a5Juli
 [I@3e25a5Aaron [I@3e25a5Aaron [I@3e25a5Aaron [I@3e25a5Aaron [I@3e25a5Aaron [I@3e25a5Aaron [I@3e25a5Aaron [I@3e25a5Aaron [I@3e25a5Aaron
 [I@3e25a5Carlos [I@3e25a5Carlos [I@3e25a5Carlos [I@3e25a5Carlos [I@3e25a5Carlos [I@3e25a5Carlos [I@3e25a5Carlos [I@3e25a5Carlos [I@3e25a5Carlos


- Porque fuera de que estas usando dos bucles repetiria cada nombre tantas veces como indique la longitud de puntuacion, ademas fijate que le estas dando es puntuacion y no le pones un indice que referencie al dato del arreglo que quieres imprimir, por esta razon te imprime esos numeros raros, que seria algo como la dir de memoria o que se yo donde se encuentra el arreglo puntuacion (no se si es esto o significa otra cosa  ).

Fijate bien que la solucion ya la han puesto con anterioridad  si se quisiera usar dos bucles (que no es necesario).

 import java.util.*;
class Ejercicio2{
	public static void main(String args[]){
	   String [] nombres={"Pedro","Francisco","Roberto","Manuel","Vicente","Luis","Juli","Aaron","Carlos"};
	   int [] puntuacion={10,3,2,6,2,3,4,5,2,3};
 
 
	   	for(int j=0, int i=0;j<puntuacion.length && i<nombres.length;j++, i++){
 
	   			System.out.println(" "+puntuacion[i]+ ""+nombres[j]);	
 
                      }
 
	   	}
}

Y la mejor es:

import java.util.*;
class Ejercicio2{
	public static void main(String args[]){
	   String [] nombres={"Pedro","Francisco","Roberto","Manuel","Vicente","Luis","Juli","Aaron","Carlos","binladen"};
	   int [] puntuacion={10,3,2,6,2,3,4,5,2,3};
 
 
	   	for(int j=0;j<puntuacion.length;j++){
 
	   		System.out.println(" "+puntuacion[j]+ ""+nombres[j]);	
 
 
                      }
 
	   	}
}

Salu2

AmeRiK@nO