public void replaceTabsWithZeros(String path) {
    try (
	BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(path));
	BufferedWriter writer = new BufferedWriter(new FileWriter(path))) {
	    String line;
	    while( (line = reader.readLine()) != null) {
	        writer.write(line.replaceAll("    ","0000"));
	    }
	} catch(IOException ex) {
	    throw new RuntimeException("Pro lema al leer archivo: "+ex.getMessage());
	}
}

package remplace;
 
import java.io.BufferedReader;
import java.io.BufferedWriter;
import java.io.File;
import java.io.FileReader;
import java.io.FileWriter;
import java.io.IOException;
 
public class Remplace {
 
    public Remplace() {
        File file = new File("Archivo.txt");
        if(!(file.exists())) {
            try {
                file.createNewFile();
                System.out.println("Se ha creado el archivo");
            } catch (IOException ex) {
                System.out.println("Se ha producido un problema "+ex.getMessage());
            }
        }
        replaceTabsWithZeros("Archivo.txt");
    }
 
    public void replaceTabsWithZeros(String path) {
    try {
        BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(path));
        String TextFinal = "";
        String aux = "";
        while(true) {
            aux = reader.readLine();
            if(aux != null) {
                TextFinal += aux.replaceAll(" ", "0")+"\n";
            }
            else{
                break;
            }
        }
 
        reader.close();
 
        BufferedWriter writer = new BufferedWriter(new FileWriter(path));
        writer.write(TextFinal);
        writer.close();
 
    } catch(IOException ex) {
	System.out.println("Se ha producido un problema "+ex.getMessage());
    }
}
 
    public static void main(String[] args) {
        Remplace rem = new Remplace();
    }
 
}