Te dio alguna razón objetiva para no usar Java en entornos de red?
El decir "a él le funcionaba más rapido" depende de muchas cuestiones, por ejemplo, que tu código no este tan optimizado como el de él, las condiciones de ejecución, etc. etc. etc.
Personalmente no considero "un error" utilizar un lenguaje de programación tan potente como Java, así como tampoco consideraria usar un lenguaje tan flexible como Perl o Python. Todo es cuestión de gustos y los que tratan de afirmar que un lenguaje tan robusto como Java/Ruby/Python/C es mejor que otro, normalmente se basan en "sensaciones" y otros estimulos subjetivos que nada tienen que ver con la realidad

Vale, nuevamente... hay muchos factores que determinan ese comportamiento, la máquina en la que se ejecuta tu programa y el de él, las buenas/malas practicas que implementas en tu programa (y el en el suyo), librerías que utilizas, sistema operativo (si usaste windows estas vendido, ademas de que debes ser consciente de que la máquina virtual de java no es para "instalar y ejecutar", debes configurarla para que tenga buen rendimiento)  etc. etc. etc.

Sin embargo como dije anteriormente, ambos son lenguajes potentes y no descartaría el uso de ninguno de los dos, ahora si de aplicaciones a "bajo nivel" hablamos, me gustaría ver que el rendimiento de un programa (bien escrito) en lenguaje C/C++ o Python sea superado por otro en Perl. Si es por comparar, existen lenguajes mucho más optimas para programar que Perl y que requieren mucho menos "tunning" que Java.