Si que llama al runtime, solo que lo hace ejecutando un portable o que el exe actue solo como launcher crea el proceso del jre y este carga el java en el proceso hijo (JRE)
Si sabes programar en C++ puedes hacertelo tu mismo.
Usa el GCJ el compilador de GNU para Java. Generas los class con el GCJ y con opciones especiales (que no se todavia) generas objectos (*.o) los cuales puedes linkear a ejecutables.