Haber si te entendí lo que quieres es darle doble click y que se ejecute tu programa si eso es lo que quieres. Yo uso netbeans en él le das donde dice LIMPIAR Y CONSTRUIR y te construira un archivo java ejecutable en la carpeta dist dentro del proyecto.

Y si luego quieres cambiarle el icono al ejecutable le creas un acceso directo y le cambias el icono al acceso directo ( esa es la forma mas sencilla)

Espero haberte ayudado. 

Podrias intentarlo asi, en la parte final
Process q = Runtime.getRuntime().exec ("cmd.exe /c start cmd /k java -jar " + ruta + nombre);
asi:
Process q = Runtime.getRuntime().exec ("cmd.exe /c start cmd /k java -jar \"" + ruta + nombre + "\"");

Y ya en la ruta podria contener espacios supongo

Como dice sapito169  concretando un poco mas:

un batch asi:

start javaw.exe -jar %1%
exit
 

Lo colocas en la carpeta bin del jre que quieras usar.

Y con archivo jar que quieras abrir, mouse2, abrir con... el script que hemos creado.