no se si este sea tu error supongamos que obtienes los usuarios de una db y si pasa algun error con la conexion el programa se detiene y se deja de extraer los datos lo que tienes que hacer es esto supongamos que tienes un while que es el que hace toda la funcion por ejemplo:
publci void Prueba extends Thread{
public void Run(){
//Demas funciones
//Aqui la funciopn que extrae los datos con un while o etc
while(!extraer)
try({
//Funcion extraer
}
)catch(SQLException e){
}
}
}
el try si lo pones en el inicio de la funcion si sucede un error se terminara pero si lo pones en la funcion donde se extraen user o demas cosas esta continuara asta que termine este es solo un ejemplo no hace nada