Me imagino que en las propiedades del proyecto tendrás que indicarle cual es la clase principal, normalmente es la clase la cual tiene el método estático main() definido. Te recomiendo más NetBeans aunque no se en que grado Eclipse ha mejorado desde los muchos años que lo dejé... aunque tal como lo pones no haya tanta mejora sino es capaz de encontrar de forma automática el fichero con me´todo main() definido.