http://www.chuidiang.com/java/ejemplos/Runtime/runtime.htmlPrueba este, por ejemplo.
import java.io.*;
public class CmdExec {
public CmdExec(String cmdline) {
try {
Process p = Runtime.getRuntime().exec(cmdline);
}
catch (Exception err) {
err.printStackTrace();
}
}
public static void main(String argv[]) {
new CmdExec("cmd /c start iexplore http://www.google.es");
}
}
Eso es la base de lo que quieres. Lo demás sería examinar el archivo y ejecutar comandos de acuerdo a su contenido.
Saludos!!!