No funciona porque la condicion de numero == 0 && numero >100 nunca va a ser verdadera y por tanto solo entra una vez .... ¿Porque?... porque supongamos numero == 0 .... la primera condicion es verdadera, pero la segunda es falsa... por lo tanto  TRUE && FALSE = FALSE

Ahora supongamos numero > 100 .... la primera condicion es falsa, y la segunda verdadera... por lo tanto FALSE && TRUE = false... por lo tanto solo entrara una vez y parara el ciclo.....

Si quieres que solo se ingrese un numero  1 <= n < 100

entonces tu codigo tendria que ser

while( numero> 0 && numero < 100 ){
balbalñaba
}

Supongamos que numero es igual a 1

1>0 && 1 < 100 .... TRUE && TRUE = TRUE
 
ahora n = 99
99> 0 && 99 < 100 TRUE && TRUE = TRUE

ahora n = 100

100 > 0 && 100 < 100 TRUE && FALSE = FALSE

por lo tanto cume que  1<=n<100

No sé bien como este tu codigo, pero creo que deberias de usar un while en lugar de un do while..... tienes que notar que el while primero evalua y despues realiza... el do while, primero hace y despues evalua.. hay una gran diferencia...

Suerte (y)

Mientras que 1 <= n < 100

int numero = entrada.nextInt();
while(numero > 0 && numero < 100){
     numero = entrada.nextInt();
}