Ya ubique porque.

today = new java.util.Date(today.getYear(), SetMes(today.getMonth()+1), 1 );
 

Me llena una nueva fecha con los parámetros que yo le paso, dejandome las horas, minutos segundos y milisegundos a 0.

Mientras que

java.util.Date today2 = new java.util.Date();
calendario.setTime(today2);
calendario.add(Calendar.MONTH, 1);
calendario.set(calendario.get(Calendar.YEAR),calendario.get(Calendar.MONTH), 1,0,0,0);
 

se queda con los valores que se le pasaron en un principio, incluyendo los milisegundos que es lo que causa la diferencia, lo curioso esque el método

calendario.set(calendario.get(Calendar.YEAR),calendario.get(Calendar.MONTH), 1,0,0,0);
 

solo me deja definir horas, minutos y segundos, y los milisegundos no, con el método calendario.clear() se puede poner los milisegundos a 0... pero ¿que pasaría si por algun motivo tuviera que definir milisegundos? ...