Ejemplo de Join:
SELECT
u.us_nombre usuario,
b.bod_nombre bodega
FROM us2bod ub
INNER JOIN usuarios u ON ub.us_id = u.us_id
INNER JOIN bodegas b ON ub.bod_id = b.bod_id
Fuente: http://www.cristalab.com/tutoriales/consulta-sql-a-mas-de-dos-tablas-con-join-c77632l/
Y en java como saco 2 o 3 tablas relacionadas de mysql