Hola:

Un fichero es una ristra de bytes en el disco. No puedes borrar solo un trozo. La única solución es escribir un fichero nuevo con el nuevo contenido.

Como mucho, usando la clase RandomAcessFile que permite sobrrescribir los bytes en el fichero, podrías poner espacios u otro caracter encima del nombre que quieres borrar, pero eso puede o no servirte, dependiendo de si consideras valido como borrar el tener un montón de espacios en vez de un nombre.

Se bueno.

¿Esa es la única solución? ¿No se puede borrar directamente contenido de un archivo de texto?

Voy a intentarlo como comentáis