Pero el problema está cuando los exportas a jar? Cuando los llamas desde la consola java?
pon un pequeño main de ejemplo de como lo haces y como lo ejecutas para que podamos ver donde te puedes estar equivocando.

Trabajo en en windows 7.
Mi editor de texto es textpad.., el programa este...

public class HelloText
{
   public static void main(String[] args)
   {
      System.out.println("    Hello World!");
   }
}

Lo complilo y me aparece este msje...

Herramienta completada con éxito

pero cuando lo intento ejecutar como Aplicacion Java, me aprece este msje

Error: NO se ha encontrado o cargado la clase principal HelloText

Tambien intente ejecutarlo con cmd,....Lo pude compilar perfectamente , pero me aparece el mismo error cuando intento ejecutarlo...

PD: todos los applets me funcionan perfctamente

Gracias por la ayuda

Para correr programas lo único que tienes que hacer es correr la Clase que contiene el método main.
Si tu proyecto contiene varios archivos que asu vez están en diferentes carpetas, entonces tienes que hacer un:

package Nombre.de.la.carpeta

en donde cada punto significa un / en la ruta de la carpeta que contiene a todos tus archivos.

Arregle el problema!!!!!, nose como lo hice... Pero lo arregle experimentando....

Elimine la variable de usuario CLASSPATH, y ahora todos los programas me funcionan perfectamente!!!

porque será esto??

solucion:
http://foro.elhacker.net/java/ayuda_con_el_classpath_porfavor-t356141.0.html