No te compliques la vida que es mucho más fácil de lo que crees. Lo primero es entender como funciona un programa (que seguro te habrá tocado estudiarlo alguna vez); en el caso de Java: cuando ejecutas el programa este (sus bytecodes compilados) es cargado en la memoria RAM mediante la máquina virtual (JVM) y sobre dicha memoria se guardan los datos que esté usando el programa (esto aplica para la mayoría de los programas sin importar en qué lenguaje están compilados). Ahora, como bien debes saber, lo que se guarda en la memoria RAM es temporal, y por ende al cerrar el programa, este es eliminado de la RAM junto con los datos que usó.
Lo que debes hacer es guardar dichos datos en un archivo sobre la memoria ROM. Puedes ver varios ejemplos de escritura a archivos, en este post:
http://foro.elhacker.net/index.php/topic,34891.0.htmlUn saludo!