Primero, si vas a publicar código, utiliza las etiquetas GeSHi.

Segundo, puedes explicar bien tu problema y lo que quieres hacer porque no entiendo muy bien.

No me queda claro si lo que quieres es hacerle Append al fichero o al jtextArea, o si no quieres hacerle Append.

Date cuenta que uno de los constructores para la clase FileWriter tiene la siguiente signatura:

FileWriter(String fileName, boolean append) 

Nota: Supongo que estás usando ese, deduzco que la variable path es un String.

Si le pasas el boolean append como true, el va a abrir el fichero, y va a agregar el nuevo contenido, si es false, crearía un nuevo fichero (si tiene permisos).

Mira esto: http://www.tutorialspoint.com/java/java_filewriter_class.htm

Ahora, en cuanto al BufferedWriter. El método write() tiene esta signatura:

void write(String s, int off, int len)

Lo que hace es escribir una porción del string s, utilizando la variable int off (offset) (posición a partir de la cual copiar), y la variable int len (cantidad de caracteres a copiar)

Mira esto: http://www.tutorialspoint.com/java/io/java_io_bufferedwriter.htm

Espero haberte podido guiar en algo.

Salu2s

PD: No me manejo del todo con Java

¿Podrías explicarte correctamente? ¿Qué tratas hacer y por qué, para obtener qué resultado? Porque no se te entiende absolutamente nada.

Si quieres guardar cambios, solo debes hacer:

btnSave.addActionListener(new ActionListener() {
    @Override
    public void actionPerformed(ActionEvent e) {
        JPanel panel = (JPanel) tabs.getSelectedComponent();
        // 0 -> asume que el JTextArea es el unico hijo del JPanel
        JTextArea area = (JTextArea) panel.getComponent(0);
        String text = area.getText();
        try {
            Path path = Paths.get("ruta/a/tu/archivo");
            Files.write(path, text.getBytes("utf-8"));
        } catch(IOException e) {
            throw new RuntimeException("Ocurrió un error al guardar los cambios", e);
        }
    }
});

PD: Importar Path, Paths y Files del paquete java.nio.file.

Hola sí, t voy a explicar con detalle lo que estoy haciendo ya que te esfuerzas en ayudarme y lo agradezco mucho. la variable path que utilizo en el codigo es la ruta del archivo(existente en el disco duro),que se abre con jfilechooser.
A ese archivo que he elegido, yo lo quiero modificar y agregar texto, me explico?

  public String abrirArchivo(){
        String aux="";
        String texto="";
        try{
            JFileChooser archivo = new JFileChooser();
            archivo.showOpenDialog(gui);
            //abre el archivo seleccionado
            File abrirSeleccion=archivo.getSelectedFile();
            try{
            path=abrirSeleccion.getAbsolutePath();
            }catch(NullPointerException e){
                e.getMessage();
            }
            //leemos el archivo, plasmarlo en el jtextarea
            if(abrirSeleccion!=null){
                FileReader leer=new FileReader(abrirSeleccion);
                BufferedReader buff=new BufferedReader(leer);
                while((aux=buff.readLine())!=null){
                    texto+=aux+"\n";
                }
                buff.close();
            }

aqui lo tienes, luego en el metodo guardar archivo, lo unico que quiero es guardar los cambios, pero por alguna razon, me guarda todo lo existenete mas los cambios que he hecho.
por ejemplo. en el editor le doy abrir y me muestra las carpetas del sistema. elijo, agenda.txt(que ya contioene texto). agrego lineas y le doy guardar. y en vez de agregarme las lineas nuevas solamente me agrega todo lo que ya existe + las lineas nuevas. Resultado: el texto que estaba se duplica y en el final del jtextarea aparece la nueva linea

public void guardarArchivo(){

        try{
            FileWriter fichero=new FileWriter(path,true);
            BufferedWriter buff=new BufferedWriter(fichero);
            buff.write();
            buff.close();
        }
        catch(IOException e){
            e.getMessage();
        }
    }

- No hagas doble post.

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Ya te había dicho ^^ (quizás no quedo del todo claro)

Pues ahí está el problema, pues al estar append en true, el va a agregarle lo que le pases al FileWriter al fichero. Y como lo que hiciste fue abrir el archivo y tienes todo el contenido en el JTextArea, pues el va a agregar todo eso (detrás de lo que ya tenia), por lo tanto, en el constructor del FileWriter debes hacer esto:

FileWriter fichero=new FileWriter(path, false);

Para que el cree el fichero con el contenido del JTextArea.

Dinos como te fue.

Salu2s

De nada!

Lo que del doble post es que publicaste dos respuestas seguidas!  

Ya que eres nuevo, te recomiendo que te pases por aquí y le eches una lectura:

foro.elhacker.net/reglas.htm

Salu2s