Estuve leendo un libro de 2005 sobre ingeniería inversa a raíz de eso surge mi pregunta. Aun funcionan los ofuscadores de código, como EXECryptor, StarForce suite  para hacer indetectable un virus, o la ofuscación del código fuente tendría que ser manual, estuve buscando en google y no encontré nada sobre el tema, el themida como todos sabemos ya no funciona, que hay de los programas anteriormente mencionados?
 
En libros actuales de 2014, sobre ingeniería inversa, aun se menciona que el método de ofuscación de código, puede ser usado en malwares

Para hacer indetectable un virus, hay alguna herramienta para eso. Hace años existían muchas en el mercado, pero como es lógico, el stub creado por todas ellas fue considerado virus.

Yo conozco un programa actualizado, pero es de pago:
http://rdgsoft.net/tejon.php
Lo bueno de este crypter es que el autor crea un único stub para cada cliente.