Creo que el Formato PE y su directorio de exportaciones pueden ser lo que necesites para solucionar tu problema, documentate un poco.
"Formato PE bajo Windows", está en español y lo puedes encontrar en el siguiente enlace:
http://foro.elhacker.net/empty-t332157.0.html
O preferiblemente el documento que muchos llamamos la bíblia del Formato PE, el PECOFF que es la documentación oficial de Microsoft sobre el tema:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/hardware/gg463119.aspx
Un saludo,
Iván Portilla.