Desde que las CPUs tienen regulación del voltaje y revoluciones del ventilador de esta, no se te va a quemar la CPU por que trabaje al 100%.
¿Por que? Para empezar una CPU en "idle" (vamos, quieta aparentemente) trabaja al mínimo de voltaje con el cual ha sido diseñada, y por tanto al mínimo de velocidad, entonces ya puede ponerse al 100% que nunca se quemará. Según el régimen de ahorro de energía que tengas en la configuración de tu equipo; lo mas normal es que sea "bajo demanda", y de los requisitos que vaya pidiendo las aplicaciones en ejecución, tu CPU irá incrementando su frecuencia poco a poco y con ello el voltaje.
Por ejemplo, en mi portátil tengo el modo ahorro de energía activado y de 900 mhz el núcleo no pasa. Tengo la CPU al 100% y esto a penas calienta, aun notándose un pequeño incremento en su temperatura. Si lo ajusto a bajo demanda, la CPU adquiere mas voltaje y trabaja a mas velocidad pero la carga de la CPU se reduce debido a que ahora trabaja a más velocidad, si antes estaba a 100% ahora la veo a 60% - 40%.
Tiene que ser una aplicación tal que, como un juego de muchísimos gráficos o un simulador, el que poniendo el régimen de alto rendimiento y dejando la CPU al 100% empiece eso a hacer daño a tu CPU. De hecho aún hay margen, ya que cuando de verdad le haces daño es si la tienes overclockeada