Eso es el tamaño mínimo que tendrá un cluster, que es el lugar en donde se guardan los archivos. Si el tamaño mínimo de un cluster es de 4kb y guardas un archivo de 1byte, ese archivo ocupará 4kb de espacio en disco. Si guardas un archivo de 8kb, ocupará 8kb en disco (2 clústeres). Como curiosidad, es por eso que cuando miras las propiedades de un archivo, te informa el tamaño del archivo y por separado el espacio en disco que ocupa.

El tamaño a asignar depende de lo que quieras guardar, en el caso de ser archivos grandes tendrás una mejor performance de disco si utilizas un tamaño de clúster grande. En cambio si guardas muchos archivos pequeños, lo recomendable es utilizar clústeres pequeños para no "perder" espacio en disco con clústeres semi vacíos.