Hola, no sé como habrás limpiado el PC, pero es aconsejable que lo desmontes lo máximo posible, y si lo tienes, que uses un colector de aire para soplar el polvo. Sino puedes usar botes de aire comprimido pero se terminan deprisa. Soplando no por dos razones. El agua de las babas (quien sabe si pueda dar chispazo), el polvo que te va a ir a la boca, y que no vas a limpiarlo como es debido.  Si hay algo que te de miedo darle caña con el aire puedes limpiarlo con un trapo.

Sobre si 32 o 64, en principio recomiendo más de 2 GB para que no se termine usando disco duro como memoria RAM. Si puedes ampliar, 64bits, sino pues no sé decirte si es peor uno que otro o iguales.

El ruido debe de provenir de algún ventilador que al llegar el procesador a un punto crítico de temperatura se acciona.
Puedes:
-desactivarlo desde la BIOS (pones en riesgo la CPU)
-probar a limpiar el polvo, cambiar la pasta térmica del procesador, a ver si se calienta menos el Procesador y el ventilador no se acciona

Los discos duros, a menos que sean IDE, no creo que sean los que hacen ese ruido infernal del que nos hablas, pero si fuera el caso solo con escuchar trabajar al disco duro ya lo deberías de notar.

Para comprobar el disco duro puedes hacerle un chkdsk con todas las opciones y luego mirar en el registro de eventos a ver si hay sucesos relacionados.