si tenemos un ordenador con una tarjeta grafica con salida DVI-D y pantalla con entrada DVI ¿la señal en pantalla son digitales?
Sí. Me apuesto lo que quieras que no has usado el buscador, cierto? Lo digo porque hay mucho comentado al respecto...
¿existirian incompatibilidades de audio o de otro tipo?
Nop.
¿necesitariamos para algo la entrada VGA en la pantalla?
Si la tienes ya conectada por DVI a la pantalla (mejor que simplemente por VGA, ya que es señal digital de video) no te hace falta el VGA en principio xD.
Saludos!!