No se pueden usar simultaneamente los puertos de una gráfica dedicada con los puertos de la placa base (ya que estos ultimos se deshabilitan cuando se conecta una gráfica).

Tendrás que usar otro puerto disponible de la gráfica, el que quieras, la calidad de HDMI y DVI es practicamente la misma.

Sobre el rendimineto no estoy seguro, pero diría que apenas vas a notar la direfencia. Yo tengo 3 monitores de 24 pulgadas a una sola gráfica y puedo jugar tranquilamente con todo en ultra. Mientras con los demás tengo abierto el navegador y cualquier otra cosa.