Igual no le vendria mal una buena limpieza en disipador, ventilador y cambio de pasta térmica . No es lo mismo tenerlo trabajando a baja velocidad por ejemplo que aumentar rpm y darle bastante más caña,  tambien depende de la calidad del ventilador y tal, aun asi te puede durar bastante. En el foro ya hay varios temas así en los que se recurre a aumentar la velocidad del cooler por software como en tu caso. Probaste a desactivar/activa de nuevo el control automatico?

Saludos