En cuanto a PCI-e 3.0 ahora mismo no deberias calentarte tanto la cabeza, hay bastante comentado, deberias usar el buscador del foro, repetir lo mismo tantas veces llega a aburrir.
Por poco más, ya que cambias de gráfica, podrias subir MEJOR a una HD 7850 2 GB de Sapphire:
http://www.pccomponentes.com/sapphire_radeon_hd_7850_dual_x_2gb_gddr5.htmlHay que tener en cuenta a la hora de instalar una gráfica como éstas la fuente de alimentacion que lleva el equipo, no se suele llevar mucha atención algunas veces y es fundamental(con el resto de caracteristicas del equipo, que no estaría de más), una fuente de mala calidad o de potencia insuficiente puede darte algunos problemillas
Saludos!!