¡Buenas x3r0x!
En cuanto a la pregunta:
Esconder un troyano en un file? por ejemplo .jpg
En un .jpg creo que se puede pero luego no funciona. El motivo es que un .exe y un .jpg son tratados de forma diferente por el systema operativo. Lo que si se puede hacer es ocultar el troyano en un .exe como por ejemplo en un crack de un video juego...
Los progamas que hacen esto se llaman joiners y un programa concreto es el "X-exejoiner".
Por otro lado...
Y como se hace para manejar un troyano sin ser infectado?
Un troyano consta de 2 partes, un cliente y un servidor. El servidor es el que tienes que colar a la victima y el cliente es el que tu usas para controlar el servidor (el pc de la victima), asi que mientras no ejecutes el servidor en tu ordenador no pasa nada.
Y por ultimo...
pero se pueden manejar desde linux para mandar a windows?
Como ya dije, el troyano consta de un cliente y un servidor, si tu usas linux, y tu victima usa windows, necesitas que el servidor funcione bajo windows y que el cliente funcione bajo linux y de esta forma si se podria. El tema esta en que creo que no hay troyanos programados de esa manera, lo que si hay es que tanto el cliente como el servidor funcionen en windows o en linux, pero mixto creo que no hay nada. Si quieres algo asi, creo que tendras que programarlo ti mismo.
En cuanto al manual, aqui te dejo un enlace sobre el troyano subseven.
http://www.hackhispano.com/foro/archive/index.php/t-1905.htmlPD: Te recomiendo que antes de postear busques bien por el foro (que tiene boton de busqueda) porque estoy seguro que estas preguntas ye sa han contestado antes a otras personas, te lo digo porque a mi me dijeron lo mismo al principo jeje y sobre todo, nunca pidas manuales ni tutoriales ya que es probable que la gente no te responda o te diga que los busques tu, al fin y al cabo solo tienes que poner en google tutorial de troyanos y te saldran miles!
Espero haberte servido de ayuda, ¡un saludo!