Análisis de un sistema? No entiendo muy bien que es lo que buscás, hay carreras universitarias de "Análisis de sistemas", en donde se tocan varios temas (depende mucho del programa de cada universidad), pero por otra parte decis que querés analizar un sistema linux, ¿querés conocer como funciona linux "por dentro"? ¿quizás informática forense en linux?

Aclara un poco please.

Bien, ahora se entiende mejor La verdad que a estos temas yo los voy aprendiendo metiendo mano y leyendo distintas cosas en internet....asi que la verdad no tengo ningun curso/libro para recomendar

En estos momentos estoy leyendo "The Linux Kernel in a Nutshell", que trata mas que nada sobre como configurar y personalizar el kernel. Si te interesa el tema, esta bastante bueno, pero obviamente no cumple con lo que estas solicitando.

Quizás Linux From Scratch te pueda servir, y encima este tipo de libros me parecen mas interesantes ya que es teoría acompañado de práctica