En mi caso, lo que me molesta de Unity:
.Los menúes globales no deberían utilizarse en ventanas minimizadas
.Que las opciones del menú solo aparezcan cuando pasas el mouse no tiene mucho sentido, se deberían ver siempre (sobre todo si se pretende que se use Unity en tablets)
.Que acercar el mouse a la izquierda haga que salga la barra (en algunas ocasiones quiero usar algo que esta a la izquierda de la pantalla y aparece la barra a molestar)
Lo que me gusta:
.Apretar la tecla super (tecla "Windows") y que aparezca el Dash, escribo la aplicacion o el archivo que quiero y listo. Esta forma de trabajar me parece muy buena (gnome shell tiene lo mismo, en KDE alt+F2).
Hablando de gnome shell, me parece que tanto Unity como KDE, deberían tener la funcionalidad de que apretando la tecla super todas las ventanas se te muestren (en KDE se hace llevando el puntero a la esquina superior izq, pero prefiero usar una tecla).
Aparte de Unity, Ubuntu 11.04 me parece una buena distro para el que busque algo que funcione "out of the box", sea amigable, y sea facil de encontrar soluciones cuando los problemas se presenten. De todas formas, yo recomiendo utilizar las LTS de Ubuntu (en estos momentos la 10.04), sobre todo en este caso que Unity esta tan verde.
Mi preferencia de escritorio, aunque de vez en cuando me aburro y salto de uno en otro, es KDE 4.6 (solo por estética, todos hacen la misma boludez, que es dejarte abrir tus programas y archivos xD).
No me parece bien que toquen tanto la interfaz, eso que se lo dejen a los usuario y que lo personalicen a su gusto,
en lo personal, nada mejor que archlinux o fedora.
Fedora? esta es una contradicción bastante grosa, fedora 15 trae GNOME 3 con gnome shell, que es un cambio GIGANTE de interfaz con respecto a la versión anterior, y que encima no te deja personalizar mucho
(por ahora por lo menos, aunque lo de las extensions pinta bastante bien).
Saludos!