Bueno, ya veo que tienes bastantes respuestas, mas o menos son como la mia, solamente te dare mi punto de vista.
No se como tienes particionado el disco duro, lo mejor es poner los directorios importantes como /usr, /tmp, /home etc... En particiones logicas, asi lo tienes mas ordenado, porque te explico todo esto, pues porque a lo hora de hacer un backup es mas comodo, yo soy usuario de OpenBSD y la verdad se instala en 5 minutos o en menos, no instalo nada de ports.
Asi lo que tengo que hacer es una copia de las particiones /tmp y /home, tmp es importante ya que tiene los archivos de configuracion y home por los datos personales, todo lo demas no lo salvo ya que en menos de 5 minutos los tengo, simplemente en la instalacion restauro esas dos particiones y ya lo tengo todo como antes.
Para hacer una imagen de tus particiones no te hace falta ningun soft adicional, puedes hacerlo con
dd.
dd if=/dev/sd0d of="ruta" bs=32b
Eso seria un ejemplo, bs es la velocidad de copiado, puedes cambiarla.
Un saludo.