Hummmm

Intenta primero crearte un Live USB de esta herramienta .
Inicia desde SuperGrubDisk lo cual te dará la opción de loguearte en tu Kali que has instalado.
Una vez estando dentro y como root ejecuta:


Terminado el comando, reinicia y deberías ya poder seleccionar entre Kali y Windows.

Eso es técnicamente erroneo puesto que no tiene Kali en dos discos distintos sino en un mismo disco en diferentes particiones. Cuando tienes un disco con diferentes particiones(booteables) el gestor de arranque instalado es el encargado de mostrarlas en el menú de selección para que puedas entrar en un OS u otro. Si la partición no está marcada como arrancable o el gestor de arranque no es capaz de listar (identificar) esa otra partición entonces tiene que reinstalar el gestor de arranque (en este caso Grub).