¿Que distro elegir? teniapensado ubuntu.
Es una buena distro para usuarios novatos.
¿Programas como jdownloader, ccleaner, tune up, mozilla firefox funcionan en linux?
Algunos funcionan, otros son específicos para windows, de todos modos cosas como ccleaner no te harán falta
luego jdowloader esta escrito en Java, te funcionará en linux y firefox también funciona en linux.
¿Antivirus y anti malwares como antimalwarebytes, super ainti spyware funcionan?
Nuevamente, muchas son soluciones enfocadas en windows, sin embargo soluciones libres para linux también encontraras muchas, en Ubuntu encontraras en el menú "Sistema -> Administración -> Centro de Sofware" software que puedes instalar ordenado por categoría.
¿Los archivos son compatibles, video, imagen, texto...?
COn las versiones actuales de Ubuntu, prácticamente no hay problemas de compatibilidad, es muy fácil comenzar a usar Ubuntu.
Como ultimo consejo, siempre es una buena practica instalar cualquier sistema operativo en una maquina virtual para ir conociéndolo y viendo si es de tu agrado, si te convence ya lo puedes instalar directamente en tu ordenador.