En el caso de chrome tenés el flag --proxy-server=host:puerto o --proxy-server=tipo://host:puerto (siendo tipo el default "http", "socks", "socks4" o "socks5") o sino toma la configuración de proxy de tu entorno de escritorio ..

y para apt .. podés usar las variables de entorno http_proxy/ftp_proxy (que también sirven para Chrome, pero tiende a ignorarlas si usás kde/gnome, tomando la config del entorno) y no, el usuario y contraseña no es necesario =3
por ejemplo

http_proxy="http://128.100.10.254:3128/" apt-get install nano

( o la exportás a la variable, como para no retipear toda la cosa, pudiendo incluso meterlo en el .profile o .bashrc como para no estar poniendo la variable por comando ... )

Saludos.