Hola
 He puesto una distro la cuenta root la deje desabilitada ( creo que es lo correcto y mas con mi experiencia )
 Algunas de las herramientas se ejecutan como root , con lo que desde los lanzadores del menu de aplicaciones no puedo
 Me podeis decir, como hago para que pueda lanzar todas las herramientas y todo lo que se ejecute como root, con el usuario que tengo creado
 Estoy mirando en las web en usuarios y grupos , pero como estoy todavia mu verde no se si haria lo correcto
 Porfavor una ayudita
 saludos

para eso se hizo sudo o tambien es otorgar los permisos indicados para el usuario.

jejej lo que ocurre desna, que iniciar las aplicaciones como root (que es la configuración incial por comodidad en una distribución de pentesting) y deshabilitar la cuenta root por seguridad es una contradicción...! o la usas como viene originalmente, o bien si la utilizas con el agregado de paquetes para hacerla más funcional o "amigable" estilo seudo-desktop  creas una nueva cuenta para acceder solamente de manera controlada como superusuario... Si en cambio haz instalado una distro de "escritorio" hay ciertas diferencias que pueden parecer molestas al principio cuando migras desde win, pero sin embargo fueron planteadas para no tener los fallos de seguridad al tener el acceso total desde un usuario común creado como "administrador" como ocurre en el mismo... Si es solo por alguna aplicación en particular, puedes crear un script que te eleve el privilegio y llame a la apli, pero siempre deberás loguearte. Saludos

No, porque entiendo que el usuario normal que creas, no tendría privilegios; un detalle no menor para que tengas en cuenta si instalas kali es que en su instalación pide la habilitación de varios demonios justamente para hacer las auditorías, deberías dejarlas desactivadas o si ya instalaste te creas un script en tu carpeta personal para activar / desactivar los mismos, el porqué de ello es porque te quedarían los puertos abiertos de ellos en tu sesión, lo que si sería un riesgo. si tiras un nmap localhost los vas a ver, luego con netcat consultas las  aplicaciones a que pertenecen los mismos. para resumir... son ssh, ftp, apache, postfix (si mal no recuerdo, es el servidor de mail), samba... el metaexploit también te abre otros dos... los manipulas uno por uno con service (servicio) start /stop. Puedes también desde la terminal con el comando sysv-rc-conf, no recuerdo ahora si viene nativo o tienes que instalarlo desde los repositorios de Debian. Saludos