Yo supongo que es porque a la hora de crear el usuario le has dicho que /home es /var/www y te ha creado la carpeta para ese usuario ahi en /home/usuario que ahora seria /var/www/usuario.

No habia oido hablar antes de skel asique he buscado sobre el y he encontrado esto: http://www.escomposlinux.org/lfs-es/blfs-es-1.0/postlfs/skel.html, posiblemente tu ya lo hayas leido o sencillamente ya lo sabias pero ahi una parte que dice como configurar skel para tomar otra carpeta como /home de usuario, hechale un viztazo cuando eso