Basicamente, yo cuando e de elegir entre implementar algo sincrono o asíncrono me fijo en la dificultad. Como bien dices, los síncronos reciben la señal del clock al mismo tiempo y además, su diseño es mucho mucho mucho mas sencillo que el del asíncrono.

De hecho el asíncrono solo lo recomiendo para hacer cosas sencillas, ya que su desarrollo no esta tan automatizado como los síncronos.Los síncronos simplemente montandote la tabla de estados anteriores, la de estados futuros y teniendo presente la tabla de la verdad del tipo de flip flop que lo diseñes...tya todo lo que queda es simplificar y dibujar el diseño, todo de forma muy automática.

Para mi esta es la mayor diferencia, la dicifultad y la planificación del diseño.