No entiendo que quieres hacer, hablas de comunicación entre Raspberry Pi y Arduino y luego saltas con lo de usar el USB?¿
Si te interesa crear una comunicación entre estas dos placas programables dispones de los pines serial tanto en una como en otra. En la Nano tienes los pines 2 (RXD) y 1 (TXD), y en Raspberry tienes los pines 14 (TXD) y 15 (RXD). Donde el TXD de uno iría en el RXD del otro y lo mismo al revés.
La comunicación serial debe estar configurada a la misma velocidad tanto en una placa como en la otra, de lo contrario no recibirás bien los mensajes. Para trabajar con esos pines en la NAno creo que debes usar
Serial1, ya que si usas el objeto Serial lo harías por medio del USB (No tengo una Nano para verificarlo, deberías probar con un polímetro enviando pulsos a intervalos de 5 segundos por el TXD para ver si es con Serial1). Para la Raspberry Pi es más fa´cil, solo tienes que recoger el objeto serial que devuelve
wiringpi.serialOpen('/dev/ttyAMA0',velocidadEnBaudios) .
La comunicación es sincronizada, esto significa que las dos placas no pueden hablar a la misma vez, una habla y luego la otra recibe y responde. Para asegurar la comunicación deberás hacer uso de mensajes que verifiquen el proceso... por ejemplo, una presentación, que responda con un OK acompañado de un código que indique que el mensaje aparte de haber sido recibido es comprendido, etc...
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