Del primer caso que habla, da poca información del programa que usó. Al parecer descargó un sitio entero y si el disco estaba en malas condiciones, o si el ciclo de vida llegó al fin, pues del stress colapsó. Esto es una conjetura.
De lo segundo (sobre torrent), no debe dañarle el disco, (se recomienda que sea un disco interno, para habilitar funciones de protección del sistema y "máximo performance". Pero el torrent descarga los archivos con un método de seguridad en su copia. La descarga lenta no se debe al disco duro como bien intuye. Si el disco externo no está en óptimas condiciones...sí pudiera resultar dañado, del uso prolongado, debido a la demora en la copia.