los lenguajes de programación no resuelven problemas, las matemáticas si. Así se aplican las matemáticas.
Cuando quieres hacer un programa lo mas rápido y eficiente posible, usas matemáticas, independientemente del lenguaje ( los lenguajes solo son herramientas que describen un problema ).
Aparte de lo dicho anteriormente, criptografía, gráficos y demás, también se usan para determinar que estructura de datos es la mas eficiente para almacenar los datos de tu programa (colas de prioridad, arboles, hash, etc etc). También sirve para verificar algoritmos ( lógica de primer orden ), y desde luego, para hacerlos , tu puedes hacer un algoritmo para ver si un numero es primo por "fuerza bruta", es decir, comprobando todos los números, o puedes aplicar el test AKS
De esta forma, y de muchisimas mas, se aplican las matemáticas en informática ( es imposible ser un buen programador sin tener ni idea de matemáticas, por muchos lenguajes que se sepan )