Básicamente quería preguntar si el unix de javascript es siempre el mismo, es decir...
la marca de unix que tiene PHP sin importar la hora del servidor siempre va a ser la misma... me preguntaba si la marca de tiempo unix que se obtiene por medio de javascript también funciona así... que sin importar la ubicación del usuario siempre va hacer la misma marca de tiempo.

var unix_now = Math.round((new Date()).getTime() / 1000);
 

- En resumen el Unix Time de PHP es en segundos y se obtiene del propio Servidor, el Unix Time de javascript es el milisegundos y se obtiene del Sistema Operativo Cliente, y como comentan esto puede diferir dependiendo a si estén sincronizados o no ambos relojes. Otra cosa es que Unix Time descarta la zona horaria, es decir, primero se pasa a GMT-0.