Pues el libro que comentas se basa todo en programar una red social. Añade también security for web developers para mejorar la seguridad y añade Practical PHP7, MySQl8, and MariaDB website databases.

No hay una metodología perfecta de hacer las cosas. A mi me gusta hacer cosas que funcionan por si mismas. Es como está todo construido en general. Es decir, si no tienes ratón o si te rompe, el pc no explota xD. Probablemente puedas guardar todos los cambios tranquilamente, cerrar sesión, apagar el equipo... En programación yo lo veo un poco así. Si haces una calculadora y te falla una suma en específico, lo ideal es que pueda seguir funcionando sin problemas. Si haces un conglomerado de todo, la lías, porque como se rompa algo, deja de funcionar todo.

En el caso de que nunca programases igual es un poco heavy entrar en PHP+HTML5+CSS3+JS+SQL y las apis típicas que les acompañan.
Si es tu caso, empieza por hacer una web sencilla en html. Una vez acabada, le añades css para que esté más vistosa. Cuando la acabes le añades javascript para añadirle funcionalidad... Poco a poco.