Mira si deseas saber la carpeta donde se encuentran los datos de mysql podemos abrir una nueva consola en tu Linux, ya sea gnome-terminal o konsole, luego debes escribir:
mysql -u root --password=contraseña
Con el comando anterior (cambiando "contraseña" por la contraseña del usuario "root" de MySQL u otro que tengas con permisos de administrador de MySQL) accederás a un shell que te permitirá ejecutar consultas SQL en MySQL y demás. Si consigues acceder ejecuta la siguiente consulta SQL y te devolverá la ubicación de la carpeta donde se guardan los datos de las bases de datos (catálogos o esquemas) de MySQL:
show variables like "datadir";
Si todo es correcto te devolverá algo así:
+---------------+-----------------+
| Variable_name | Value |
+---------------+-----------------+
| datadir | /var/lib/mysql/ |
+---------------+-----------------+
1 row in set (0.00 sec)
Indicando que la carpeta donde están guardados los datos de la base de datos es:
/var/lib/mysql/
Por otro lado, el fichero de configuración de MySQL suele estar (normalmente) en:
/etc/my.cnf
En dicho fichero encontrarás más información sobre ubicación de carpetas y parámetros de MySQL.
Fuente:
http://www.ajpdsoft.com/modules.php?name=Foros&file=viewtopic&t=943