yo no le veo el patron por ningun lado, efectivamente si parecen tener un codigo arbitrario despues del _ pero aparte de eso lo que precede al _ podria ser cualquier cadena, con lo que detectar la publicacion automaticamente se vuelve un lio.

si no me olvido el plugin de firefox "dowload them all ayudaria en caso que es descargar en cierto lugar"
https://addons.mozilla.org/en-US/firefox/addon/downthemall/

en caso que de 1 lugar esten los 20 o 30 pdf
si estan entre varios lugares   , si no tienes que buscar los crawler como comenta @adastra


si es de alguno de pago te sugiero webdumper:
www.maxprog.com/WebDumper.html
esta es la version 3.3.3
para registrar de no tener capital de pago existen un keygen del team BRD
que puedes usar para testear el programa:
http://loadcrack.com/87710002577e1da8bd44cc100be36c075705/download/crack/Apps/Maxprog.Web.Dumper.v3.3.Multilingual.WinALL.Incl.Keygen-BRD.zip.download
o bien lo buscas desde Crackdb.org como Web Dumper

saludos Apuromafo
pd:

+---ec.europa.eu
|   +---health
|   |   \---alcohol
|   |       \---docs
|   |               alcohol_rand_2012.pdf
|   |               
|   \---health-eu
|       \---doc
|               whitepaper_de.pdf
|               whitepaper_en.pdf
|               whitepaper_fr.pdf
|               
+---www.congresoenfermeria.com
|   +---page_file
|   |       comitecientificocurriculumiiicongreso_1323944594048.pdf
|   |       comitecientificocurriculumiiicongreso_1328617624635.pdf
|   |       
|   \---pdf
|           ayuda_poster.pdf
|           cartel.pdf
|           programa.pdf
|           
+---www.msc.es
|   \---organizacion
|       \---sns
|           \---planCalidadSNS
|               +---docs
|               |       InformePlanCalidad_ESP.pdf
|               |       
|               \---pdf
|                   \---transparencia
|                           Ley_14_86_GRAL_SANIDAD_1.pdf
|                           
\---www.msps.es
    \---organizacion
        \---sns
            \---planCalidadSNS
                \---docs
                        InformePlanCalidad_ENG.pdf
                       

La idea es ir mirando nombres de ficheros si el servidor web devuelve 404 es que no existe, si devuelve 200 es que existe.

Cómo no sabes el nombre del fichero, pues o lo miras de un diccionario o lo haces aleatorio.

Si al menos sabes la carpeta, ya tienes parte de la ruta, ya tienes algo.

*- [!] Apache Files Finder
http://foro.elhacker.net/hacking_avanzado/apache_files_finder-t307464.0.html

encontrar ficheros en un servidor
http://foro.elhacker.net/dudas_generales/encontrar_ficheros_en_un_servidor-t310966.0.html