1º pregunta es:

Si JQuery es la neta hay muchos plugins y creo que existe algo para cada cosa que necesites.

La 2º pregunta es:
Personalmente no uso frameworks de php, pero creo que cake-php es mejor

La 3º pregunta es:
En teoria si todo lo pones en una carpeta y lo debes ordenar muy bien.

Cada cosa en su lugar, puedes optimizar para que no se carguen cosas inecesarias,  considero yo que esto es util en sitio de alto trafico o sitios muy pesados.

La 4º pregunta es:

TODO ES SEGURO HASTA QUE SE DEMUESTRA LO CONTRARIO

Como todo los XSS , RFI , Sql injection estan a la orden del dia ,   si es un proyecto importante deberias tener especial cuidado.

Como te decia , creo que cake-php es mejor por recomendaciones, tengo muchos conocidos que desarrollan bajo ese framework, ahora mismo hay un proyecto muy interesante de unos colegas aqui en mexico y lo estan utilizando.


Como todo sistema tiene sus bugs pero se conrrigen.


Nunca he utilizado un frame por que al igual que muchos me gusta hacerlo por mi mismo.


Posiblemente cuando tenga un proyecto muy muy grande lo utilizare pero por ahora no,.

Sabes que hace ya varios meses estuve en este dilema.

Pero creo que antes de utilizar un framework PHP debes conocer a fondo PHP5 y el manejo de clases y objetos del lenguaje para que la curva de aprendizaje no sea tan complicada.

Si cumples con esto puedes pasar al siguiente paso utilizar un framework.

Las mejores opciones en mi experiencia son:

- Symfony
- Zend Framework
- Cake-PHP

Antes de decidirme por trabajar con alguno me puse a evaluar la documentacion y los 3 tienen un manual completo del framework.
Ninguno vi un ejemplo completo de lo que podia llegar a desarrollarse lo que si encontre con symfony donde en el transcurso de 24 dias vas haciendo una aplicacion paso a paso.

http://www.askeet.com/
http://www.jobeet.org/en/ (te recomiendo utilizar este que fue hecho con la version 1.3 actualmente esta symfony en la version 1.4.6)

Despues es tan solo lanzarse a realizar lo que se desee desarrollar.

Por mi parte ahora estoy terminando un proyecto 100% con symfony que mezcla a Zend Framework como libreia igual que en el jobeet.

La guia final de symfony es como el libro que si o si debes tener a mano pero para aprender jobeet es lo mejor.

Para mi las ventajas de Symfony sobre ZF es que para manejo de base de datos utiliza ORM con propel y doctrine ZF ahora esta recien implementando Doctrine.

Le veia limitante el aprender Yaml (no es nada complejo) pero si quieres manejar las tablas como siempre creando un modelo entidad relacion basta utilizar orm-designer y exporta en lenguaje Yaml sirve para Symfony y para Cake PHP y exporta en Propel y en Doctrine.

Para el manejo de usuarios existen excelentes plugin que con pocas lineas de codigo puedes manejar perfiles, grupos y usuarios todo muy bien documentado.

No olvides de utilizar versionamiento por defecto se utiliza svn yo utilizo con code.google.com y va de mil maravillas.

Y asi podria explicar mas detalles. Ami me costo mucho tiempo de estudio, pruebas y sacrificio el tomar esta decision pero ahora estoy 100% que Symfony fue mi mejor opción.

Saludos
JUCA