Antiguamente prácticamente cualquiera hacía una web, con un poco de idea de diseño cualquier diseñador web hacia una página web sin problemas. También los programadores con pequeñás nociones de diseño eran capaces de hacer webs. Hoy en día, no es suficiente con ser desarrollador web ni tampoco es suficiente ser diseñador web, tal y como leí hace un tiempo en un blog de diseño, hoy en día hay que ser "diserrollador web" XD, osea que hay que tener amplios conocimientos de diseño y amplios conocimientos de programación.

PHP, MySQL, HTML, javascript, AJAX, y a ser posible algún framework como jQuery para dar dinamismo a la web.

Photoshop, maquetación, CSS y Flash (aunque flash no es de mi agrado) por la parte de diseño.

Si no controlas más o menos esto, o alguna alternativa, en vez de PHP, ASP, en vez de MySQL, SQL Server, en fin... un gestor de bases de datos y lenguaje de programación web hay que dominar. Si eres buen programador tus webs podrán ser mucho más dinámicas pero carecerán de una buena imagen que es algo sumamente importante como puede por ejemplo crear la imagen corporativa de una empresa. Sin embargo si sabes mucho de diseño, harás una web espectacular pero carente de funcionalidades, necesitas trabajar con bases de datos, y darle dinamismo a la web de alguna forma y para eso hay que dominar la programación.

Resumiendo: Para hacer una web decente hoy en día es tan importante el diseño como la programación y hay que dominar ambos campos. Es por eso que hay muchas empresas que tienen diferentes departamentos con diferentes especialistas. Los diseñadores gráficos se encargan de hacer la imagen corporativa, todo el diseño y la maquetación y los programadores se encargan de darle funcionalidad a esa bonita página.
Si una de las dos partes falla, no se conseguirá una buena web.

Siempre se pueden usar CMS como joomla para crear páginas web hoy en día. Están muy bien para hacer apaños, para pequeños proyectos. Pero personalmente creo que para una web profesional de una empresa seria, debe tener su propia web, con su diseño exclusivo y no con una plantilla prediseñada. Es mi opinión.

Para diseñar una pagina web, tienes que dibujar tu idea de como tiene que ser en un papel, hacerlo con photoshop o alguna herramienta de diseño, pasarla a html, luego crear el estilo con css, javascript, luego para que se dinamica empiezas a diseñar las funciones con php. es mejor hacerlo basandote en la plantilla html que tienes.
Los pasos de photoshop hasta javascript son importantes hasta para las herramientas cms (para crear tus propios themes) de esta forma personalizas tu sitio. Lo bueno del diseño web es que aprendes sobre la marcha.