Puedes crear algun script que quede corriendo en segundo plano y que cada x tiempo suba el archivo. Si le metes sleeps ni notaras que esta corriendo el script
Si quieres te puedo pasar un codigo en python que tengo

Gracias a ambos por su respuesta. Necesito se se haga de forma 'nativa' sin scripts ni cosas por el estilo.


Me sigue saliendo el molesto dialogo:



Hay alguna forma de quitarlo, o en su defecto me recomiendan algun cliente FTP que con guardar los cambios en sublime suba sin confirmación?

Yo iria con https://github.com/banago/PHPloy  https://github.com/git-ftp/git-ftp