Y estas seguro quue ya calificó?

Entonces tu problema literalmente es... que si un alumno tiene materias con calificacion y el otro alumno en esas mismas materias no tiene ninguna calificacion... entonces las del segundo alumno no se muestran en pantalla??? 

Espero no sea mucho pedir pero... podrias colocar aca un ejemplo de los campos de las 2 tablas que estas usando para hacer tus JOINES     algo asi tipo:

'Tengo 2 tablas, la primera tiene los siguientes campos : '

tabla1
alumnos,
matricula,
fecha,
materia


tabla2
matricula,
materia


Aunque creo tu problema (si es lo que te pregunte inicialmente) estaria aqui:


Porque ahi dices si calificacion tiene un valor NULL retorname 'No calificado' bien perfecto.. ahora que pasa, estas haciendo 1 JOIN de 2 tablas yo no conozco las estructuras de las 2 tablas (Por eso te pido una demostracion) pero, que pasa cuando 2 campos en ambas tablas se comparan y uno tiene valor no nulo sin embargo el otro si tiene un valor nulo??? Tu unica condicion es que cuando calificacion sea NULL retorne 'NO CALIFICADO' pero para que esto se cumpla... ambos campos comparados deben tener valor NULL, lo que si podrias intentar completar el IF con algo tipo:

IF(k.calif1A IS NULL, 'NO CALIFICA', k.califi1A)

O sea si uno de los valores es Nulo 'no califica' de lo contrario pues tirame el valor que existe. Pero me puedo equivocar, no conozco la estructura de las tablas... solo estoy ofreciendo un estimado acorde a lo que veo.

 

Unos puntitos.

Acorde a los datos que estas solicitando, no necesitas usar un JOIN con las 3 tablas.... de hecho con 2 tablas es mas que suficiente (Para este caso).    porque lo digo??? porque tienes el campo materia dentro de la tabla Kardex, que asumo se relaciona en ese mismo campo con la tabla Materias  y puesto que la relacion posee el mismo valor... y es el unico campo que referencias de esta tabla en tu consulta SQL... felizmente puedes descartar usar esta tabla en tu consulta SQL, y sencillamente hacer el JOIN con las tablas Kardex y Alumnos, obteniendo el campo materia de la tabla Kardex.

Otra cosita, ten muy en claro el tamanio (espacio) que ocupan los tipos de datos, cuidado con esos tipos de datos que leo tipo bigint en un campo de matricula... y cuidado con el almacenamiento de los varchar que veo hasta 255 cuando apenas vas a guardar algo que a lo maximo ocuparia 50 caracteres.

Ten en cuenta que tu consulta SQL esta buscando la nota de 1 sola persona a la vez.. o donde su matricula sea nula

Te comento que he recreado las tablas que tienes.... con los siguientes datos:

 
mysql> SELECT * FROM kardex;                                                                                                        +------+-----------+-------------+--------------+---------------+                                                                   
| id   | matricula | materia     | calificacion | codigomateria |                                                                   
+------+-----------+-------------+--------------+---------------+
|    1 |       200 | matematica  |           80 | matematica    |
|    2 |       300 | lenguaje    |         NULL | lenguaje      |
|    3 |       400 | historia    |           70 | historia      |
|    4 |       500 | matematicax |         NULL | matematicax   |
|    5 |       600 | lenguajex   |           87 | lenguajex     |
+------+-----------+-------------+--------------+---------------+
5 ROWS IN SET (0.00 sec)
 
mysql> SELECT * FROM alumnos;
+------+-----------+---------+-----------+--------------+
| id   | matricula | nombres | apellidos | fechaingreso |
+------+-----------+---------+-----------+--------------+
|    1 |       200 | Jose    | Perez     | NULL         |
|    2 |       300 | Mario   | Lopez     | NULL         |
|    3 |       400 | Gloria  | Mar       | NULL         |
|    4 |      NULL | Pepe    | Martinez  | NULL         |
|    5 |      NULL | Carlos  | Manuel    | NULL         |
+------+-----------+---------+-----------+--------------+
5 ROWS IN SET (0.00 sec)
 
 

Usando como modelo tu consulta SQL, y me aparecen perfectamente los datos solicitados (La unica diferencia es que aca obvio
usar la tercera tabla Materias, pero luego es lo mismo):

 
mysql> SELECT a.apellidos, a.nombres AS nombreAlumno, k.materia AS nombreMateria, IF( k.calificacion IS NULL, 'NO CALIFICADO', k.calificacion) AS Califica FROM kardex k LEFT JOIN alumnos a ON k.matricula = a.matricula WHERE a.matricula = 300 OR a.matricula IS NULL;                                                                                                                                   
+-----------+--------------+---------------+---------------+                                                                        
| apellidos | nombreAlumno | nombreMateria | Califica      |                                                                        
+-----------+--------------+---------------+---------------+                                                                        
| Lopez     | Mario        | lenguaje      | NO CALIFICADO |                                                                        
| NULL      | NULL         | matematicax   | NO CALIFICADO |                                                                        
| NULL      | NULL         | lenguajex     | 87            |                                                                        
+-----------+--------------+---------------+---------------+                                                                        
3 ROWS IN SET (0.00 sec)    
 
mysql> SELECT a.apellidos, a.nombres AS nombreAlumno, k.materia AS nombreMateria, IF( k.calificacion IS NULL, 'NO CALIFICADO', k.calificacion) AS Califica FROM kardex k LEFT JOIN alumnos a ON k.matricula = a.matricula WHERE a.matricula = 200 OR a.matricula IS NULL;                                                                                                                                   
+-----------+--------------+---------------+---------------+                                                                        
| apellidos | nombreAlumno | nombreMateria | Califica      |                                                                        
+-----------+--------------+---------------+---------------+                                                                        
| Perez     | Jose         | matematica    | 80            |                                                                        
| NULL      | NULL         | matematicax   | NO CALIFICADO |                                                                        
| NULL      | NULL         | lenguajex     | 87            |                                                                        
+-----------+--------------+---------------+---------------+                                                                        
3 ROWS IN SET (0.00 sec)                             
 
 

Podrias publicar aca que valores en ambas tablas o en las 3 tablas si todavia quieres continuar usando los JOINS con las 3. Que valores tienen ambos alumnos en las 3 o 2 tablas aca...

Yo te entendi perfectamente    intentas decirme que hay 3 materias que no se presentan en pantalla porque tienen valores NULL pero cuando tienen valor real asignado si se presentan en pantalla... de lo contrario no 

Te agradeceria si me mostrases entonces, en las 3 tablas en cuestion que valores le corresponden a estos 2 alumnos para yo tener una guia mejor del asunto.

Para los que no se enteran (y por si le pasa a alguien vamos  )

Royer me envio la muestra de sus 3 tablas por MP (protegiendo sus datos al acceso publico esta en su derecho  ) y bueno, resulta ser que los datos que el quiere sacar existen en la Tabla Alumnos y la tabla Materias pero no tienen ningun registro en Kardex    (Solo de los alumnos que el quiere sacar y les pasa esto). Por lo que le respondi:

Royer me aclaraste mejor ahora    entonces el alumno que NO tiene ningun registro en la tabla Kardex ... hay es que esta tu problema chico 

Mira agregue un usuario extra a la tabla Alumnos:

 
mysql> SELECT * FROM alumnos;
+------+-----------+---------+-----------+---------+--------------+-------+--------+-------+
| id   | matricula | nombres | apellidos | carrera | fechaingreso | turno | grupo  | salon |
+------+-----------+---------+-----------+---------+--------------+-------+--------+-------+
|    6 |       919 | PEPE    | TONO      | PREPA   | 0000-00-00   | TARDE | GRUPO1 |     1 |
|    7 |       212 | PANCHO  | PEREZ     | PREPA   | 0000-00-00   | TARDE | GRUPO2 |     1 |
|    9 |       100 | MARIA   | LOPEZ     | NULL    | NULL         | TARDE | GRUPO1 |     1 |
+------+-----------+---------+-----------+---------+--------------+-------+--------+-------+
 
 
 

Pero no le agregue absolutamente nada en Kardex a este nuevo usuario (QUe es MARIA LOPEZ):

 
mysql> SELECT * FROM kardex;
+------+-----------+-------------+-------------+---------------+---------+------------+
| id   | matricula | tetramestre | materia     | codigomateria | calif1A | fechacalif |
+------+-----------+-------------+-------------+---------------+---------+------------+
|    6 |       919 | 1           | INGLES I    |            10 |      90 | 2010-10-20 |
|    6 |       919 | 1           | MATEMATICAS |            11 |    NULL | 2010-10-20 |
|    7 |       212 | 1           | INGLES I    |            10 |      88 | 2010-10-20 |
|    7 |       212 | 1           | MATEMATICAS |            11 |    NULL | 2010-10-20 |
|    8 |       818 | 1           | MATEMATICAS |            11 |    NULL | 2010-09-20 |
|    8 |       818 | 1           | INGLES I    |            10 |    NULL | 2010-09-20 |
+------+-----------+-------------+-------------+---------------+---------+------------+
6 ROWS IN SET (0.00 sec)
 
 

Ahora hago tu magica consult a a MARIA  y.....

 
mysql> SELECT k.fechacalif, a.apellidos, a.nombres AS nombreAlumno, m.materia AS nombreMateria, ifnull( k.calif1A, 'NO CALIFICADO') AS Materia FROM materias m LEFT OUTER JOIN kardex k ON m.codigomateria = k.codigomateria LEFT OUTER JOIN alumnos a ON k.matricula = a.matricula WHERE k.matricula = 100 OR k.matricula IS NULL;
+------------+-----------+--------------+---------------------------+---------------+
| fechacalif | apellidos | nombreAlumno | nombreMateria             | Materia       |
+------------+-----------+--------------+---------------------------+---------------+
| NULL       | NULL      | NULL         | taller de redaccion I     | NO CALIFICADO |
| NULL       | NULL      | NULL         | metodologia de la lectura | NO CALIFICADO |
| NULL       | NULL      | NULL         | historia moderna          | NO CALIFICADO |
+------------+-----------+--------------+---------------------------+---------------+
 
 

Bingo 

Ahora quieres saber porque ocurrio esto??? Pues precisamente chico porque MARIA solo existe en la tabla Alumnos y Materias    sin embargo tu haces la comparaciones con Kardex.. pero como esta alumna NO tiene nada en Kardex... como va a retonarte las calificaciones que se reflejan en la tabla Kardex???? Si no existen datos de ningun tipo de ella en Kardex???? Sin embargo si existen datos de ella en la tabla Materia y Alumnos... Recuerdate que el campo calif1A esta en la tabla Kardex y es ese campo o sea mira tu consulta SQL dice:


O sea las materias que esten en la tabla Kardex que concuerden con las materias que esten en la tabla Materias... pero si tu no tienes registros de algun alumno en la tabla Kardex... como quieres que te retorne las materias que estan ahi dentro???

O sea ya que solamente tienes datos en la tabla Alumnos y Materias para el caso mostrado tu comparacion de tu consulta dice:


Pero... k.matricula pertenece a la tabla Kardex no??? y si Kardex no tiene registros aca para dicho alumno... que va a retornarte para la calificacion??
Nada (Que es lo que esta pasando).

Tendras que agregar 1 campo extra en la tabla Materias para que puedas relacionar las materias con alumnos
sin que estas esten obligatoriamente en Kardex... o registrar datos en la tabla Kardex para todos los alumnos aunque el valor
sea null.