Creo que...

Las transacciones son tratadas completamente de una en una cuando afectan a la misma tabla.

Por ejemplo: Hacemos desde la aplicación A una orden en la que borra una línea de la tabla, mientras que desde la aplicación B estamos ordenando de que modifique un dato en ésa línea.

Teniendo en cuenta que la base de datos primero comprueba si la operación se puede realizar y si se puede realizar la realiza...

A enviará la orden, y después de ser validada y antes de ser escrita, llega la orden de la aplicación B, la cual, como todavía no se ha borrado la línea, dará por válida y dará luz verde a ser escrita, justo después de eso la orden A elimina esa línea y posteriormente B intenta modificar esta línea, pero ya no existe por lo que daría un error grave y se petaría la base de datos.

Es por eso que las transacciones al llegar se comprueban si están bien escritas, si se pueden hacer, y después de ser realizadas y avisar al cliente de que se han realizado correctamente, no procesa la siguiente transacción.

En resumen:
1.- Sí tiene que esperar a terminar la primera transacción para incluir la segunda
2.- El programa espera la confirmación de que es query ha sido finalizada para poder procesar la siguiente

Esto que he dicho aquí podría no ser del todo cierto, espero haber ayudado en vez de haberlo liado más.

PD: Si el ordenador que lleva la base de datos en la empresa no es muy potente o no es especializado para servidores, hay que tener en cuenta que si son realmente 9000 updates de una vez pues no es algo ligero de manejar para un ordenador que no esté preparado así que las relentizaciones serían normales.

Saludos!