Bueno, se que es, como se trabaja y las características que maneja. He hecho algunos ejemplos de esto, pero no una aplicación totalmente con POO. Mi duda es la siguiente,

Supongamos que tenemos una aplicación que desarrollar con muchos modulos, todas las clases tendrían que sea como en MySQL, "relacionadas"? o se crearían clases independientes, esto lo digo es por la herencia.

PD: Conocen algun software para documentar esas clases que sea funcional para Linux?

Esa no era la respuesta que esperaba, lo que preguntaba es que si todas las clases -como hacen parte de la misma aplicación-, tiene que ir relacionadas?