hola robebugaty el tema no es por una cuestión de pasar de distro, sino un tema de kernel... como poder a veces se puede (hay info al respecto en foros específicos de cada distro, casi siempre para pasar la misma a otra máquina, moviendo el /usr y luego modificando los datos de uid - o sea de la unidad de disco nueva- y tocando el grub...) tienes que tener en cuenta que hoy en día las mayoría traen por defecto las mismas apliaciones "nativas", y las que fuiste agregando tardas unos minutos en volverlas a instalar, apropiadas para el nuevo núcleo y actualizadas.

lo más importante es tener el cuidado de separar en particiones (especialmente la /home) para asi poder pasar entre una y otra sin problemas, en las carpetas ocultas de /home y /root por ejemplo, tienes las configuraciones personales de las distintas aplicaciones; por lo cual si haces un backup de las mismas y pegas en la nueva instalación (por si no tienes separadas las particiones) luego al instalar x aplicación te toma a las configuraciones anteriores; sea escritorio, iconos, navegador (puedes salvar contraseñas, cookies, historial, marcadores, etc...) en 15, 30 minutos lo tienes andando.   saludos.

(otro punto muy interesante para indagar, es el mismo /etc/apt/sources.list; por ejemplo al usar derivados de debian, bien puedes poner un enlace a repositorios debian  acorde al núcleo utilizado; actualizas paquetes, luego eliminas repositorios anteriores... después actualizas el kernel ya con los enlaces a los repositorios de debian. así he migrado tanto de ubuntu a debian o bien de una distro kali a ubuntu... actualmente he hecho al revés, de una instalación limpia y acondicionada de ubuntu, instalé repositorios y herramientas de pentesting de kali.)