Si no te quieres complicar abre la web con chrome mismo y dale a imprimir; en la impresora selecciona guardar como pdf.
El problema que son muchas webs para poder hacer eso
¿Estamos hablando de enlaces convencionales con <a></a>?
Si todas son enlaces simples.
He encontrado una solución poco "Convencional" pero funcional.
unoconv -f doc plantilla.html
unoconv -f pdf plantilla.doc
Edito 2 : Prueba con htmldoc a mí sí que me respeta los links. El libreoffice también me funciona.
A mi no me ha funcionado, voy a probarlo otra vez, por que sería mejor solución que la mía.
Gracias a todos.