Puedes hacerlo con libreoffice, ejemplo:

Si no te quieres complicar abre la web con chrome mismo y dale a imprimir; en la impresora selecciona guardar como pdf.

También puedes probar wkhtmltopdf.

Edito: Decías desde la consola xD, wkhtmltopdf entonces pero ya dices que no te funcionaba xD
Edito 2 : Prueba con htmldoc a mí sí que me respeta los links. El libreoffice también me funciona.

El problema que son muchas webs para poder hacer eso
Si todas son enlaces simples.

He encontrado una solución poco "Convencional" pero funcional.
unoconv -f doc plantilla.html
unoconv -f pdf plantilla.doc

A mi no me ha funcionado, voy a probarlo otra vez, por que sería mejor solución que la mía.

Gracias a todos.